کرم خاکی جیم 2 قهرمان داستان، جیم، کرمی خاکی است که دارای تواناییهای خارق العاده شده است و اکنون برای نجات خود باید با دشمان زیادی چون Psy-Crow، Queen Slug-for-a-Butt ، Bob the Killer Goldfis  و ...مقابله کرده و در هر مرحله یکی از انها را شکست دهد تا به مرحله پایانی برسد.